버섯류의 신품종 보호권 육성이 시급한 것으로 지적되고 있다.국립종자관리소에 따르면 품종보호제도가 도입된 후(‘98) 현재 버섯류의 품종보호 대상작물은 느타리, 영지, 진흙 등 3작물로서 ’06년 11월로 총 21건이 출원되어 작물군별로 볼 때, 가장 적은 출원수치를 나타내고 있다.’09년에는 품종보호대상작물이 전체 작물로 확대될 예정이며 팽이버섯, 양송이버섯, 표고버섯 등 대부분의 주요 버섯류도 ’08년까지 순차적으로 보호대상작물로 지정될 예정이다. 버섯에 대한 품종보호권이 등록되면 우리나라 육성품종이 아닌 도입품종의 경우, 해당 품종의 종균사용시 외국에 로열티 제공은 의무사항이 된다. 버섯류의 경우 조직분리 기술만 있으면 타 품종의 무단복제가 가능하여 미등록종균이 유통, 재배되고 있는 실정이나 이는 앞으로 품종보호대상작물로 지정될 때 외국 종균업체들과 로열티 지불문제를 초래할 것이며 궁극적으로 재배자의 부담만 증가하게 될 것으로 보인다.따라서 육성자들은 신품종 육성시 품종보호출원을 하여 육성자의 권리를 적극적으로 주장해야 하며 품종보호제도가 강화될수록 국내 자체 신품종이 육성되어야만 버섯산업이 발전할 수 있을 것으로 내다보고 있다.