농업자조금의 정책방향을 ‘조성 촉진’에서 ‘건실한 발전’으로 전환해야 한다고 한국농촌경제연구원(KREI) 박성재 선임연구위원이 ‘농업부문 자조금 운영실태와 개선방안’연구에서 주장했다. 박 선임연구위원은 “자조금이 생산자에 의해 조성·운영되고, 모든 회원의 의사가 반영될 수 있는 지배구조의 확립, 사회적 신뢰를 확보할 수 있는 투명한 관리·운영 및 감독, 사업 성과를 극대화할 수 있도록 사무국의 전문성과 효율성 확보에 초점을 둔 정책으로 전환해야 한다”고 밝혔다.
또한 “그동안 자조금 조성을 촉진하기 위한 여러 가지 정책이 이제는 자조금 발전을 가로막는 장애요인으로 작용하고 있다”고 주장했다. 회원 중에 개별 생산자가 없는 자조금의 설립이 가능하고, 자조금의 존폐와 같은 중대사를 총회가 아닌 대의원회를 통해 결정하며, 대의원 선출 기준을 생산규모 위주로 설정해 소농의 의사반영이 어렵도록 한 점 등을 문제로 지적했다. 또한 “자조금처럼 외부효과가 큰 사업에는 무임승차를 최소화하기 위한 규제와 제도운영이 필수적임에도 우리 제도는 자조금을 만드는 데에 초점을 맞춰 지배구조를 왜곡시켜 참여율을 낮추고 무임승차를 조장하는 결점이 있다”고 밝혔다.
농업부문 자조금은 1992년 양돈과 양계가 처음 도입해 현재 34개로 늘어났으며, 그 결과 주요 품목은 대부분 자조금 단체를 결성했다. 하지만 자조금을 도입한 지 20년이 지났는데 여전히 제도의 투명성과 관리·운영의 비효율성이 문제가 되고 있고, 최근 정체상태에 빠진 점 등을 고려할 때, 부분적인 개선이 아닌 자조금 정책의 기본방향부터 전환할 필요가 있다는 것이 연구진의 판단이다.
자조금 제도의 개선방안으로는 독립적인 자조금 운영이 가능하도록 자조금 단체와 생산자 단체를 분리해야 하며, 자조금 발전단계별로 지원정책을 차별화하는 것이 바람직하다고 주장했다.
또한 의무자조금의 거출기능을 정부가 수행하는 방안을 검토할 필요가 있고, 의무자조금의 설치 및 폐지 등 주요 사안은 전체 회원투표로 결정하는 등 기회균등이 반영된 제도 설계가 중요하다고 강조했다.
아울러 임의자조금의 의무자조금화를 촉진하기 위해서는 임의자조금으로 존속 연수가 10년이 넘는 경우 정부 보조금의 지급 수준을 낮추는 것도 고려할 필요가 있다고 제안했다.

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