지난 23일 제18대 대통령직인수위원회에서 정부개편안 추가발표가 있었지만 농림수산식품부의 명칭에 대한 내용이 없고 농수축산 안전위생업무를 신설되는 식품의약안전처로 이관한다고 발표에 농민단체들이 반발하고 나섰다.
인수위 발표 다음날인 24일 서울 대통령직인수위원회 앞에서 인수위의 정부개편안 중 농업과 식품업무를 분리 이관하는 결정에 대한 농민단체 대표자 20여명이 모여 긴급 기자회견을 가졌다. 
농민단체들의 연합체인 농수축산연합회는 회견에서 농림수산식품부를 ‘농림축산부’로 조직과 예산을 축소하는 것으로도 모자라, 기존 농정 부처가 담당해 온 축산물 및 수산물의 식품안전 업무마저 신설될 ‘식품의약품안전처’로 넘기려는 일련의 움직임은, 7천만 민족 생명곳간의 열쇠인 농업·농촌과 350만 농업인을 짓밟고, 미래 생명산업 농업의 가능성마저 송두리째 꺾어버리는 폭거로 규정할 수밖에 없다고 주장했다. 
이날 농수축산연합회 상임대표 김준봉 한농연중앙연합회회장은 “결국 농업과 식품을 분리시키겠다는 인수위의 구상대로라면 식품정책은 농업, 식품업의 특수성을 배제, 단순한 규정 집행으로 단순한 실적 올리기 위주의 무차별적 규제와 단속이 자행될 것”이며, “결과적으로 농업과 식품산업은 끝없이 추락할 것이 자명하고 반드시 누군가 이 책임을 져야 할 것”이라고 경고했다. 
한편, 농림축산부로 개편이 되는 것에 대해 농업계에서 회의적인 목소리도 나오고 있다.  농림수산식품부 노조가 직원 설문조사 결과 차기 농업담당 부처의 명칭에 ‘식품’이 들어가는 것이 적절하다는 응답이 79%가 나타났다. 특히 ‘농림축산식품부’ 보다는 ‘농림식품부’ 명칭를 보다 선호(81%)하는 것으로 조사돼 농식품부 공무원도 축산이 부처명에 들어가는 것에 대해 부정적인 것으로 조사됐다.
농업계의 한 인사는 “축산이 농업에 포함되는 것인데 굳이 축산을 부서명에 넣어야 되는지 모르겠다”며 “오히려 축산만 강조되다가 다른 것을 잃게 되는 우를 범할 수 있다”고 말했다.
또 다른 농업계 관계자는 “축산업은 성장산업도 아니고 다른 식량, 원예산업과 형평성을 고려해서라도 축산을 부서명에 넣는 것이 대통령 공약이라 해도 굳이 지킬 필요는 없을 것으로 보인다”고 말했다.
/연승우 기자