친환경농산물의 인증취소, 표시정지 등 행정처분이 매년 증가한 것으로 나타났다. 농림수산식품부의 최근 3년간 친환경농산물의 행정처분 현황을 살펴보면, 인증취소는 2009년 1,708건, 2010년 2,812건, 2011년 7,252건으로 해마다 증가하고 있다. 또한 표시정지는 2009년과 2010년 163건에서 2011년 1,903건으로 약 11배 넘게 증가했다.
 인증취소 건수와 표시정지 건수가 유기 농산물, 무농약 농산물, 저농약 농산물 모두 2009년에 비해 2011년 최소 2배가 넘게 증가하였고, 인증취소와 표시정지 건수를 합하면 2010년 2,975건에서 2011년 9,155건으로 전년대비 약 3배 이상 늘어났다.
현재 친환경 위반 공시제도에서 발전된 인터넷 신고포상제 도입 등 적극적인 제도 개선 검토가 필요하다.

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