전라북도(농업기술원)에서는 고추묘상관리에 있어서 주야간의 기온 격차로 낮에는 환기를 시켜주고, 밤에는 하우스 문을 닫어 차가운 바람이 들어가지 않도록 관리해 즐 것을 당부했다.
고추묘 관리는 낮에는 22∼30℃, 밤에는 15℃ 이상 온도에 관리하는데 건강하고 튼튼한 고추묘를 키우기 위해서는 아주심기 1주일 전부터 밤에는 육묘상 내 보온덮개를 걷어주고 점차 보온피복 비닐을 제거하며, 마지막으로 하우스 측면의 비닐을 걷어 올려 외부환경과 같은 상태로 관리한다.
고추 묘상에 물을 너무 많이 주면 웃자라서 병 발생을 초래하고 부족하면 굳어져서 생육이 억제된다 따라서 물은 저녁에 묘상의 상토 표면이 뽀얗게 말라있는 정도로 주는 것이 좋으며, 병원균 등에 오염이 되었거나 수질(水質)이 낮은 물은 피하고 농업용수 관리기준에 적합한 것을 사용하도록 한다.
고추 아주심는 시기는 우리지역은 4월 하순∼5월 상순이 적기인데 고추묘는 본엽이 11∼13매 전개시 또한 1번과 개화시 정식을 하는데 아주심을 때는 육묘상에 심겨졌던 깊이 만큼만 심도록하고 특히 역병발생이 심한 지역에서는 역병 예방을 위해 고추 접목묘를 재배하도록 하고 접목묘 부위가 땅에 묻히면 접목의 효과가 없으므로 접목부위가 땅 속에 묻히지 않도록 각별히 주의해야 한다.
멀칭용 비닐은 아주심기 3∼4일전에 미리 덮어 땅의 온도를 높여 주어 뿌리가 잘 내릴 수 있도록 하고, 특별히 흑색비닐로 덮을 경우에는 아주 심는 후 곧바로 환기구멍을 뚫어주어 터널 내 기온 상승에 의한 피해를 받지 않도록 한다.