정부는 과수농가의 생산성 향상과 과실품질개선 등 과수산업의 경쟁력 강화를 위해 우량묘목의 품질관리 및 유통조사를 강화해 나가기로 했다.농림수산식품부는 국내 과수묘목은 영세 묘목업체 및 과원에서 생산 유통되는 사례가 많아 바이러스 감염 등 관리상 취약, 생산 및 공급체계를 개선할 필요가 있다고 내다 봤다.이에 따라 우선 무병묘목 유통질서 확립과 무병묘목의 확대공급을 위해 우량묘목 이력관리제를 실시키로 하는 한편, 원종검사를 5년에서 격년으로 단축하고 ‘과수묘목 자체 보증 및 피해 보상 규정’참여대상을 계통공급 참여업체까지 확대해 나가기로 했다. 또한 불량묘목으로 인한 피해 발생시 생산자단체에 직접 보상하는 등의 보상체계를 구축해 나간다는 방침이다. 아울러 과수묘목 자조금 조성으로 수급조절 및 홍보체계를 구축해 나간다는 계획이다.이와 함께 무병묘 공급에 소요되는 기간, 공익성, 외국의 사례 등을 감안 중앙과수묘목관리센터에 대한 지원을 2017년까지 연장키로(연간 9억원 수준) 했으며, 무병 우량묘목에 대해서는 종자산업법 제126조에 의거 보증제 실시 및 한국과수농협연합회 회원농협을 통해 계통 공급토록 했다. 또 농가 선호도가 높은 품종 위주로 조기에 무독화해 2015년까지 주요품종 19개를 확보하고 부족한 품종은 해외 도입을 추진키로 했다.이밖에도 R&D 및 교육·홍보를 강화키로 하고, 산학연 전문가로 연구팀을 구성, 연구개발비 지원(5년, 50억원), 과수묘목업 종사자를 대상으로 바이러스 검사교육을 실시하는 한편, 2012년부터 주산지 선도농가에 무병과수 시범포를 조성해 나간다는 방침이다.